针对三级物流配送体系存在的问题，可以从以下几个方面着手解决：

一、优化物流网络结构

1. 合理布局物流节点：根据农村地区的人口分布、交通状况以及物流需求，合理布局县级物流中心、乡（镇）物流服务站和村级物流网点，减少物流环节和运输距离，提高物流效率。
2. 加强物流基础设施建设：加大对农村物流基础设施的投入，如建设更加完善的仓储设施、道路网络等，提升物流运作的硬件条件。

二、加强信息化建设

1. 建立信息共享平台：利用现代信息技术手段，建立县级、乡（镇）和村级之间的信息共享平台，实现物流信息的实时更新和共享，提高信息的透明度和准确性。
2. 推广物流信息化技术：鼓励物流企业采用先进的物流信息化技术，如物联网、大数据、云计算等，提升物流运作的智能化水平。

三、提高协同性和效率

1. 加强合作与协同：推动县级物流中心、乡（镇）物流服务站和村级物流网点之间的合作与协同，形成紧密的物流网络，实现资源的优化配置和共享。
2. 优化物流流程：对物流流程进行梳理和优化，减少不必要的环节和重复作业，提高物流运作的效率和效益。

四、整合物流资源

1. 推动物流资源整合：通过政策引导和市场机制，推动农村地区的物流资源整合，形成规模化的物流运作体系，降低物流成本。
2. 引入第三方物流：鼓励和支持第三方物流企业进入农村地区，利用其专业的物流设施和技术手段，提升农村物流的运作水平和服务质量。

五、加强人才培养和引进

1. 培养物流人才：加大对农村物流人才的培养力度，通过培训、教育等方式，提升物流从业人员的专业素质和技能水平。
2. 引进物流人才：制定优惠政策，吸引和留住优秀的物流人才，为农村物流的发展提供人才保障。

六、推动绿色物流发展

1. 采用环保技术和设备：在物流运作中采用环保技术和设备，如电动车、氢燃料车队等，减少能源消耗和废弃物排放。
2. 优化物流网络规划：在物流网络规划中充分考虑环保因素，如合理规划运输路线、减少空载里程等，降低物流活动对环境的影响。

综上所述，解决三级物流配送体系存在的问题需要政府、企业和社会各方面的共同努力。通过优化物流网络结构、加强信息化建设、提高协同性和效率、整合物流资源、加强人才培养和引进以及推动绿色物流发展等措施的实施，可以逐步提升三级物流配送体系的运作水平和服务质量，为农村电商的发展提供更加有力的支撑。